• +6221 4288 5430
  • +62 8118 242 558 (BIC-JKT)
  • +62 8118 242 462 (BIC-INA)
  • info@bic.web.id

Seleksi Cepat dan Akurat Sifat Kualitas Daging pada Sapi Bali Menggunakan Penanda Molekuler Gen Stearoyl-Coa Desaturase (SCD) dan Gen Calpastatin (CAST)


Abstrak

Sapi bali (Bos javanicus) merupakan salah satu sumber daya genetik sapi asli Indonesia yang sangat potensi untuk dijadikan sebagai sapi penghasil daging berkualitas. Terdapat beberapa karakteristik kualitas daging yang dijadikan sebagai indikator yaitu tebal lemak punggung, tebal longissimus dorsi, skor marbling, persentase marbling, tebal lemak rump dan tebal rump. Secara genetik, kualitas daging tersebut dikendalikan oleh gen yaitu gen stearoyl-coa desaturase (SCD) dan gen calpastatin (CAST) s

Deskripsi

Sapi bali merupakan salah satu sumber daya genetik sapi asli Indonesia hasil domestikasi banteng (Bos javanicus) dan memiliki potensi sebagai sapi penghasil daging berkualitas. Salah satu indikator untuk kualitas daging pada sapi adalah lemak intramuskuler (marbling) dengan skor 0-9 (Aus-Meat), selain itu keempukan (tenderness), tebal lemak punggung, tebal lemak rump, tebal lemak logissimus dorsi dan tebal rump. Karakteristik kualitas daging tersebut dikendalikan oleh beberapa gen dan terdapat dua gen potensial yang dapat dijadikan sebagai marker assisted selection (MAS) khususnya pada sapi bali yaitu gen stearoyl-coa desaturase (SCD) dan gen calpastatin (CAST). Dengan menggunakan penanda (marker) molekuler  yaitu gen SCD dan CAST, seleksi dapat dilakukan secara lebih awal dan lebih akurat khususnya pada sapi bali.

 

Tahapan yang dilakukan untuk mendapatkan bibit sapi bali yang memiliki kualitas daging yang baik (skor marbling, persentase marbling, tebal lemak punggung dan tebal longissmus dorsi) yaitu (1) pengambilan sampel darah, (2) ekstraksi DNA, (3) amplifikasi gen SCD dan CAST mengunakan mesin polymerase chain reaction (PCR), (4) Penentuan genotipe dan elektroforesis

  1. 1.       Pengambilan sampel darah

Darah diambil sebanyak 2 ml dan ditempatkan di dalam tabung vacutainer 10 ml yang berisi antikualogasi (EDTA).

  1. 2.       Ekstraksi DNA

DNA total diperoleh dengan cara diekstraksi menggunakan extraction DNA Kit (Promega).

  1. 3.       Amplifikasi gen SCD dan CAST

Amplifikasi fragmen gen SCD menggunakan primer forward 5’-ACC TGG TGT CCT GTT GTT GTG CTT C-3’ dan  primer reverse 5’-GAT GAC CCT ACT CTT CTA TTT ATG C-3’ (Ohsaki et al. 2009), sedangkan gen CAST menggunakan primer forward: 5’- TGG GGC CCA ATG ACG CCA TCG ATG -‘3 dan reverse: 5’-GGT GGA GCA GCA CTT CTG ATC ACC-‘3 (Palmer et al. 1998). Kondisi mesin PCR untuk amplifikasi gen SCD dan CAST dijalankan dengan tahapan denaturasi awal (95°C selama5 menit), diikuti 35 siklus terdiri atas denaturasi (95 °C selama 10 detik), annealing (50oC dan 60oC selama 20 detik), elongasi (72oC selama 30 detik) dan selanjutnya  elongasi akhir (72oC selama 5 menit). Reaksi PCR yang digunakan adalah sampel DNA sapi bali sebanyak 1 μL (100 pM), primer forward dan reverse 0.6 μL (25 pM), destilated water (DW) 23.4 μL dan  Green Master Mix  25 μL, sehingga total volume 50 μL.

  1. 4.       Penentuan genotipe (Genotyping) dan elekroforesis.

Penentuan genotipe gen SCD berdasarkan sekuensing, sedangkan gen CAST berdasarkan hasil teknik PCR-RFLP menggunakan enzim Alu-I (5’-AG|CT-3’). Hasil sekuensing gen SCD ditentukan SNP pada posisi g.10428C>T, sedangkan hasil PCR-RFLP gen CAST|Alu-I di elektroforesis dengan media agarose 2% yang selanjutnya didokumentasi menggunakan UV transiluminator, dan data disimpan di dalam komputer.

Data kualitas daging yaitu skor marbling, persentase marbling, tebal lemak punggung dan tebal longissimus dorsi dikur dengan menggunakan ultrasound scanner tipe WED 3000V. Asosiasi data genetik gen SCD dan CAST dianalisis menggunakan metode general linier model (GLM).


Keunggulan Teknologi

Menggunakan penciri molekuler berbasis gen SCD(SNP g.10428C>T)  dan gen CAST|Alu-I sebagai metode seleksi, maka akan mempercepat waktu, biaya dan tenaga. Selain itu, akurasi atau ketepatan untuk menghasilkan bibit  sapi bali yang memiliki kualitas daging terutama untuk sifat skor marbling, persentase marbling, tebal lemak punggung dan tebal longissimus dorsi sebagai indikator kualitas daging dapat diperoleh jika dibandingkan dengan metode seleksi secara fenotipe (konvensional). Seleksi dengan penciri molekuler (gen SCD dan CAS) dapat dilakukan pada saat ternak masih muda (setelah beranak) dan tidak perlu menunggu ternak pada saat dewasa (umur 1-2 tahun).

 


Potensi Aplikasi

Hasil penelitian ini memiliki potensi diaplikasikan pada perusahaan atau industri perbibitan ternak sapi baik yang dilakukan pemerintah maupun swasta yang bertujuan untuk menghasilkan bibit sapi yang memiliki kualitas daging baik (premium).